Die Probe der Wahl ist der Stuhl aus der akuten Erkrankungsphase. Zum Nachweis
bakterieller Durchfallerreger ist die Einsendung dreier an aufeinanderfolgenden Tagen
gewonnener Stuhlproben zu empfehlen. Zum Parasitennachweis aus dem Stuhl sind
ebenfalls drei Stuhlproben erforderlich. Um eine Trägerschaft für bestimmte
Durchfallerreger auszuschließen ist auch die Untersuchung von drei Stuhlproben
erforderlich.

Stuhlkulturen werden routinemäßig auf Salmonellen, Shigellen, Campylobacter und
Yersinien untersucht. Stuhl mit der Diagnose „Diarrhoe“ wird auch auf enteropathogene
E.coli (EPEC) und enterohämorrhagische E. coli (EHEC) untersucht. Ein klinischer
Verdacht auf Vibrionen erfordert spezielle weitere Laboruntersuchungen. Deshalb muss ein
entsprechender klinischer Verdacht dem Labor mitgeteilt werden. Ebenso ist es
erforderlich, eine Untersuchung auf Parasiten und auf virale Erreger (meist Rotaviren,
Adenoviren, Norwalkviren) besonders anzufordern.

Nach längerem Krankenhausaufenthalt, insbesondere nach Antibiotikatherapie
auftretende Durchfälle sind sehr häufig durch Clostridium difficile verursacht. Der
Toxinnachweis aus dem Stuhl und C. difficile Kultur werden nur nach entsprechender
Anforderung durchgeführt.

Im Rahmen krankenhaushygienischer Umgebungsuntersuchungen ist der Nachweis von
Vancomycin-resistenten Enterokokken (VRE) von Bedeutung. Diese Untersuchung wird
nur auf spezielle Anforderung durchgeführt.